La misión del Seminario Evangélico de Puerto Rico es contribuir a la formación integral de hombres y mujeres para servir en el ministerio cristiano y participar en la misión del pueblo de Dios en Puerto Rico y las Américas. Nuestra razón de ser es acompañar a la comunidad estudiantil en su desarrollo y crecimiento espiritual, personal, social, académico y profesional, e identificar y responder a las necesidades de educación continua de egresados y egresadas e iglesias cooperadoras. Nuestra finalidad es lograr la excelencia y calidad en nuestros programas académicos y procesos administrativos.

Nuestro deseo es responder adecuadamente a las necesidades de liderato de las iglesias locales, a los reclamos de las denominaciones y a los desafíos del siglo 21.

Para llevar a efecto esta misión, el Seminario ha identificado cuatro metas fundamentales:

1. Capacitar al educando para pensar y vivir con criterios teológicos. Se incentiva el desarrollo y cultivo de la vida espiritual del educando, al procurar su formación integral.
2. Facilitar la adquisición de una amplia cultura teológica. Se ofrece la oportunidad de analizar, entender e internalizar la amplitud y complejidad de la tradición cristiana, y se evalúa la fe desde una perspectiva interdisciplinaria e interconfesional.
3. Contribuir a la preparación del educando para que pueda participar creadora y críticamente en el quehacer teológico. Se afirma, en la tradición reformada, que la tarea teológica debe responder a los desafíos que le presenta la sociedad contemporánea a las iglesias y los creyentes.
4. Equipar al educando con las destrezas prácticas necesarias para llevar a efecto un ministerio cristiano relevante y transformador, ya sea en la tarea pastoral o en sus funciones profesionales.

Para lograr estas metas, el Seminario se esfuerza por mantener y cultivar:

1. Un ofrecimiento académico en el cual las disciplinas teológicas, históricas, bíblicas y ministeriales estén en diálogo continuo con otras áreas del saber, particularmente con las que contribuyen a la acción ministerial efectiva.
2. Una comunidad académica de profesionales de la educación, ministros y estudiantes que presenten a las iglesias y a la sociedad pensamientos innovadores y renovadores, críticas fieles y constructivas, y recomendaciones estratégicas para la comunicación adecuada del Evangelio al inicio del siglo veintiuno.
3. Un centro de información y recursos bibliotecológicos que apoye la misión institucional, fomente la investigación, incentive la producción literaria y genere el deseo y la capacidad de mantener el acervo cultural y teológico de las iglesias.
4. Varios ofrecimientos de grados académicos, entre los que se encuentran:
   • Una maestría en divinidad que les brinde la oportunidad de educación teológica a hombres y mujeres cuya meta vocacional es el ministerio eclesiástico.
   • Una maestría en artes en religión para personas que desean analizar la experiencia religiosa desde una perspectiva interdisciplinaria.
   • Un doctorado en ministerio que rete a pastoras y pastores a ser más intencionales y fieles en su liderato de congregaciones y otras instituciones.
   • Un programa de educación continua que se organiza para responder específicamente a las necesidades de egresados e iglesias. Estos ofrecimientos contribuyen a la formación y transformación de nuestros estudiantes.
5. Un programa de convenios y colaboración con otras instituciones de educación superior, eclesiásticas y profesionales para optimizar los ofrecimientos académicos y responder a las necesidades de nuestra comunidad de fe.
6. Un ambiente ecuménico, internacional e inclusivo que contribuya a la contextualización del Evangelio, a la vez que genera una perspectiva mundial de la misión cristiana.