El Seminario Evangélico goza de una estrecha relación de ayuda y estímulo mutuo con las iglesias en Puerto Rico. La mayoría de quienes se matriculan en el programa de maestría en divinidad realizan tareas pastorales en las iglesias, completando así los estudios académicos. Tanto las denominaciones como los cuerpos interdenominacionales, al usar las facilidades de la institución para reuniones y programas, la convierten en un importante centro de encuentro ecuménico para Puerto Rico